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西南战争后，为了彻底清算鹿儿岛为首的**士族，日本政府在九州设置了临时裁判所。据统计，被判刑者62764人，其中斩首7022人，十年徒刑6131人。七年徒刑5411人，五年徒刑4126人，三年徒刑6380人，两年徒刑11183人，一年徒刑5013人，拘禁百日12130人，七十日拘禁21459人，三十日拘禁6018人，剥夺士族身份45242人，棒锁632人。交保赎罪12420人。而宣布无罪者为32449人，免罪40349人。宣判前死亡2047人。由于日本政府严厉对待九州地区曾经参加和同情西乡隆盛叛军的人，至使九州地区的民众长时间对政府充满怨恨，哪怕是在西南战争结束后，为了抚平战争的创伤，由明治天皇的皇后一条美子发起成立的“战争遗族抚慰会”对九州地区的民众进行抚慰，也不能抹平九州民众的内心创伤，而这种情况，一直持续到了乾日丁酉战争的爆发，并且对这场关乎日本国运的战争产生了极为不利的影响。
此外西南战争对日本的经济也造成了极大的打击，根据明治十七年民部省和陆军省、海军省的联合调查结果，在战争中，日本陆军共计消耗枪弹134893500余发，炮弹173700余发。海军消耗炮弹27139发，子弹2147824发。俄军消耗枪弹165423600余发，炮弹214700余发，日本海陆军在初期和中期战斗连连失利，陆军损失了大量的枪炮，海军则损失了3艘铁甲舰（“扶桑”号被击沉，“比睿”号和“金刚”被萨摩军劫夺），7艘炮舰，12艘辅助舰艇和30余艘商船，各类相关费用总计达到了241967726日元。
由于战争消耗巨大，高额的战费使日本政府难以承受，除了向民间极力搜刮之外，日本政府不得不向外国银行借款，最终是英国著名的罗特希尔德家族给予了日本政府大量的贷款，帮助日本政府渡过了战争危机，但日本政府为此不得不出卖了大量的权益给罗特希尔德家族，到西南战争结束时，罗特希尔德家族已经完全掌握了日本的金融命脉。此外，为了换取俄国出兵协助平叛，日本政府暗中和俄国政府订立了密约，许诺将北海道作为给俄国人的报酬，“日俄密约”后来的曝光极大的伤害了日本人民的感情，也大大损害了日本政府的声望，因为几千年来，日本虽然经受了各种外部侵略，却从来没有过对外割让土地的事，日本明治政府在日本人民看来，已经是不折不扣的卖国政府了，岩仓具视等政府重臣都被日本民众视为“卖国贼”，而在西南战争中最终败于日俄联军之手，坚持不屈蹈海自尽的西乡隆盛则成了日本民众心目中的民族英雄（西乡隆盛夫妇的尸体冲上海滩后被当地民众冒死收殓并秘密安葬）。
在西南战争结束后，流亡海外的萨摩士族推举西乡隆盛的儿子西乡菊次郎为领袖，成立流亡政府，不承认日本明治政府的地位，号召国内民众起来反抗“卖国贼政府”，解救被奸臣卖国贼挟持的明治天皇，这些萨摩士族对外自称萨摩人，不称日本人，日本民族因此分裂，而这种分裂状态一直持续到乾日丁酉战争的爆发，在这场乾国和日本争霸东亚的战争中，萨摩人毫不犹豫的站在了乾国一边。
西南战争还促进了日本自由民权运动的发展。明治维新后，日本出现了一些自由民权主义者，他们的初期主张无法得到当时明治政府的认同，于是他们积极鼓动士族阶层发动骚乱，妄图颠覆政府来实现自由民权的政治主张。西南战争的失败使自由民权主义者们清醒的认识到武装推翻明治政府没有希望，他们开始利用舆论同明治政府斗争。而西南战争失败后九州剩余的士族也开始走上了自由民权之路，共同要求参与政权，同明治政府的当权者对抗。西南战争之后日本自由民权运动兴起。对日本政治也产生了巨大的影响。加剧了日本民族的割裂。
此外。西南战争对于世界军事的发展，也产生了重要的影响。
首先，这场战争是国民军队的胜利，它检验了日本明治维新军事改革的成果，虽然结果很不理想，但也一定程度上证明了建设“四民皆兵”的国民军队的正确性和意义。对此，日本著名历史学家坂本太郎评论道：“这次事变说明，就是以维新功臣西乡隆盛为首。具有素称精强的旧萨摩藩士为骨干的社会、军事势力，已不是他们所蔑视的百姓兵武装起来的政府军的对手，使全国所有的人都能彻底了解到士族兵已不再能有所作为了。”这个评论有一定的道理，但显然夸大了政府军的战斗力，实际上，萨摩军无论是高层还是基层，由于接受过正规严格的近代西方式的军事训练，加之的确富有勇气，是相当善战的。萨摩军之所以失败，并非是因为战斗力不强的关系。而是因为由武士组成的萨摩军的“精兵”政策——由大量精锐武士组成的萨摩军在数量上要远远的少于平民组成的日本政府军和俄军，一旦这些精锐武士在战斗中大量的消耗。无法得到补充，便会造成部队战斗力的急剧下降，萨摩军在战争后期的迅速失败，原因正在这里。
其次，这场战争对新式武器和军事艺术的发展也有重大意义。在这场战争中，萨摩军创造性的发扬了“穴地攻城”的战术，给政府军和俄军以极大的杀伤，萨摩战斗工兵的战绩在很长一段时间里都没有哪个国家能够打破，由于萨摩军地下爆破战术的不断采用在战争中引起了俄国方面的重视，俄军也曾组织发动了一次差不多的作战，虽然因为种种原因而失败了，但在战争结束后，俄国方面便着重研究起相关的战术来，并组建了自己的工兵部队，世界各国也纷纷效法，战斗工兵这一兵种得到了很大的发展，在后来的第一次世界大战当中再次大放异彩。
在西南战争中，交战双方都大量使用了各种口径的野战炮、山炮和臼炮，在攻击时都相当注重炮兵的运用，以及海陆军的协同作战。双方都进行过多次的海上机动、迂回敌后等行动，都体现出较高的战役指挥能力。在单兵能力和小分队战术上，萨摩军则显得较高一筹，其勇猛善战，敢于以小股兵力实行果断的行动，给政府军和俄军上了很好的军事课，战争后期，政府军和俄军也熟悉了这样的作战，并采取同样的手段进行回击。小分队战术虽然引起了世界各国的重视，但各国看法不一，象师从德国陆军的日本政府军很多人视小分队战术为“偷鸡摸狗式的战术”，对小分队战术很是轻视（日军中的有识之士也想要引入这种战术，却因为村田经芳等有相关战斗经验的军官被林逸青杀戮殆尽，以至于无从学起），俄军倾向于大兵团运动作战，也并未重视给他们带来严重伤害的小分队战术，但英国和法国却从西南战争当中看到了小分队战术的价值，根据萨摩军的经验，在本国陆军当中进行了有益的实践和训练，在日后的英布战争和法越战争中，小分队战术都起到了至关重要的作用。
在这场战争中，交战双方都使用了相当数量的加特林机枪，机枪这种武器在防御作战中的价值凸显出来，在战争结束后，世界各国陆军都不约而同的开始大量装备加特林机枪，并对陆军速射武器的研制加大了投入。
尽管萨摩军拔刀队在此战中给予政府军很大杀伤和心理压力，但是应该看到这是萨摩军在缺乏弹药的情况下的无奈举动，而战争已经进化到依靠火力和钢铁的时代了，白刃战越来越成为战争中的配角，所以并不能援引此特例作为建军的基本。然而，战后日军却对此进行了不切实际的夸张，将这一点歪曲、放大至极点，在作战和训练中片面强调不畏敌人火力、近身作战，就成为所谓“肉弹攻击”的滥觞。所以后来在乾日丁酉战争中，面临乾国新式陆军的坚固阵地，竟然仍有大批日军军官鼓励用白刃解决。结果造成了严重伤亡。而乾日战争后。日方也没有充分吸取教训。反而继续大肆鼓吹所谓“壮绝的肉弹攻击”，到第一次世界大战期间，日军步兵训令仍然坚持“刺刀进攻乃是皇国陆军的精髓所在”，结果在乾军的钢铁火力下碰得头破血流。
西南战争中，交战双方进行的一系列海战也对世界海军技术的发展产生了重要的影响。自意奥利萨海战后，横队战术成为了主流，而乾日琅峤海战后，纵队战术有所回归。西南战争中，萨摩海军二舰一组的小队战术被证明可以将横队战术和纵队战术任意发挥，因而二舰小队战术得到了世界海军的重视，战术专家们将舰型相同或相近的两艘军舰编为基本作战单位，在此基础之上，由多个二舰小队组成一个大的横队或是纵队进行作战。另外，萨摩海军和日本海军都大量使用了雷击舰作战并取得了成功，雷击舰这一舰种受到了各国海军的重视，在西南战争结束后，加上鱼雷兵器的发展。多数世界海军强国都建立了自己的雷击舰队，其中法国“新学派”受影响最大。法国海军建立了世界上规模最大的雷击舰队。此外，萨摩海军成功使用潜艇作战也给了世界海军以新的启发，自美国南北战争结束后，这是世界海军史上最为成功的水下进攻作战，为日后潜艇的发展起到了重要的作用。
西南战争中双方主力舰对决的“大阪湾海战”对日后世界海军舰载火炮技术也有着重要的影响。本世纪中叶，一般火炮的炮身系通过耳轴与炮架相连接，即所谓刚性炮架。刚性炮架火炮发射时炮架受力大，炮管连同炮架整体后坐。因此，不得不把火炮设计得很笨重，造成在战场上的机动困难。又因发射时整个火炮产生较大位移，重新复位和瞄准都很浪费时间，使发射速度受到很大影响，在火炮射击时，火炮炮架和炮身一同整体后坐复进，由于火炮炮架和炮身重量大，十分笨重，因此后坐耗时费力，平均发射间隔时间在90秒以上，这样的情况一直持续到80年代。而在弹药方面，